日本国有鉄道が分割民営化され、東日本旅客鉄道株式会社が発足。
東日本キヨスク株式会社(後の株式会社JR東日本リテールネット)の株式を取得、子会社化。
会津線を廃止(会津鉄道に転換)。
木原線を廃止(いすみ鉄道に転換)。
東北自動車事業部および関東自動車事業部を分離し、ジェイアールバス東北株式会社とジェイアールバス関東株式会社が営業開始。東京圏運行本部傘下の水戸・千葉・高崎の3運行部を支社に昇格。
真岡線を廃止(真岡鐵道に転換)。
株式会社ジェイアール東日本商事の株式取得、子会社化。
長井線を廃止(山形鉄道に転換)。
足尾線を廃止(わたらせ渓谷鐵道に転換)。
レストラン事業展開の中核会社として、全額出資によりジェイアール東日本レストラン株式会社(後のジェイアール東日本フードビジネス株式会社)を設立。
日本食堂株式会社(後の株式会社JR東日本フーズ)の株式取得、子会社化。
東京圏運行本部と東京圏営業本部を統合し、東京地域本社発足。
山手線などを皮切りに「イオカード」導入開始。
東北新幹線 東京駅 - 上野駅間を開業(東京駅への延伸)。
山形新幹線開業。
直営の車両新造工場「新津車両製作所」(現・総合車両製作所新津事業所)操業開始。
北陸新幹線 高崎駅 - 長野駅間(長野新幹線)開業。並行在来線である信越本線 横川駅 - 篠ノ井駅間のうち、横川駅 - 軽井沢駅間を廃止、軽井沢駅 - 篠ノ井駅間を経営分離してしなの鉄道に移管。
弘済整備株式会社(現・株式会社JR東日本環境アクセス)の株式取得、子会社化。
改正JR会社法が公布(成立は2001年6月15日)。本州3社が本法の適用から除外され、JR東日本の純粋民間会社(非特殊会社)化が実現。
ICカード乗車券「Suica」のサービスを開始。
湘南新宿ライン運行開始。
日立物流より、東京モノレールを買収して傘下に収め、モノレール事業も行なうこととなる(ただし運営は同社のままで運賃体系も従来のまま)。
日本国外向けインターネット指定席予約サービスworld eki-net開始(2005年12月22日終了)。
日本鉄道建設公団(現・独立行政法人鉄道建設・運輸施設整備支援機構)が保有していた株式50万株がすべて売却され、完全民営化。
東北新幹線 盛岡駅 - 八戸駅間開業。東北本線 盛岡駅 - 八戸駅間を経営分離し、盛岡駅 - 目時駅間をIGRいわて銀河鉄道に、目時駅 - 八戸駅間を青い森鉄道(運行)・青森県(保有)に移管。男性社員の制服変更。
Suicaと西日本旅客鉄道(JR西日本)のICカード乗車券「ICOCA」との相互利用開始。初めて他社のICカード乗車券の相互利用が可能となる。
磁気式イオカード販売終了。
磁気式イオカードの自動改札機での取り扱い停止。
Suicaと東海旅客鉄道(JR東海)のICカード乗車券「TOICA」との相互利用開始。
Suicaと北海道旅客鉄道(JR北海道)のICカード乗車券「Kitaca」との相互利用開始。同日、東京近郊区間を拡大。
クレジットカード事業を株式会社ビューカードに分割。
Suicaと九州旅客鉄道(JR九州)のICカード乗車券「SUGOCA」、西日本鉄道(西鉄)のICカード乗車券「nimoca」、福岡市交通局(福岡地下鉄)のICカード乗車券「はやかけん」との相互利用を開始した。PASMO以外の非JR系交通事業者のICカード乗車券で初めて相互利用が開始。
紀ノ国屋の全株式を取得し、完全子会社化。
東北新幹線 八戸駅 - 新青森駅間開業。東北本線 八戸駅 - 青森駅間を経営分離し、青い森鉄道(運行)・青森県(保有)に移管。
東北地方太平洋沖地震(東日本大震災)により、東北方面の路線を中心に甚大な被害を受ける。これにより、東北新幹線などの運転停止や、計画停電に伴う首都圏の近距離路線の運行制限、旅行客減少などの影響により、過去最大の減収を記録。
東京急行電鉄の子会社東急車輛製造(後の横浜金沢プロパティーズ、2016年10月に東京急行電鉄に吸収合併され消滅)の鉄道車両事業を取得し、総合車両製作所とする。
交通系ICカード全国相互利用サービスが開始され、Suicaと「manaca」「PiTaPa」との間で相互利用が開始。
岩泉線廃止。東京・新潟近郊区間を拡大、仙台近郊区間を新設。新津車両製作所の車両製造事業等を会社分割により総合車両製作所に譲渡し、同社の新津事業所とする。
北陸新幹線 長野駅 - 上越妙高駅 - 金沢駅間開業、JR東日本は長野駅 - 上越妙高駅間の営業主体となる。信越本線 長野駅 - 直江津駅間を経営分離し、長野駅 - 妙高高原駅間をしなの鉄道に、妙高高原駅 - 直江津駅間をえちごトキめき鉄道に移管。 同時に、上野東京ライン(東京駅 - 上野駅間)が開業。
東日本大震災で被災した仙石線の全線復旧に合わせ、東北本線支線の松島駅 - 高城町駅間(仙石東北ライン)が開業。
JR東日本共通ポイントサービスである「JRE POINT」を開始。
東北新幹線がこの日開業した北海道新幹線 新青森駅 - 新函館北斗駅間と直通運転開始。Suicaとicscaとの間で仙台エリア相互利用サービス開始。
クルーズトレイン「TRAIN SUITE 四季島」が運行開始。
アベリオ、三井物産との合弁事業でイギリスの列車運行会社であるウェスト・ミッドランズ・トレインズが運行を開始。
山田線 宮古駅 - 釜石駅間を廃止し、三陸鉄道に移管。
東京都内4駅(東京・新宿・池袋・立川駅)でシェアオフィス事業を開始。
相鉄線直通として、相模鉄道との相互直通運転を開始。東海道本線 鶴見駅 - 羽沢横浜国大駅間開業。
東北・上越両新幹線の高架柱367本で耐震補強工事漏れが発覚。在来線についても調査開始。
常磐線 富岡駅 - 浪江駅間の運転再開により、東日本大震災の影響による不通区間が全て復旧(BRT転換を含む)。東京近郊区間・仙台近郊区間を拡大。
気仙沼線 柳津駅 - 気仙沼駅間、大船渡線 気仙沼駅 - 盛駅間の鉄道事業廃止。
エキナカで事業運営を行ういずれも連結子会社の株式会社JR東日本リテールネット、株式会社JR東日本フーズ、株式会社JR東日本ウォータービジネス、および株式会社鉄道会館の4社を合併し、株式会社JR東日本クロスステーションを新設、さらに統合新会社に「リテールカンパニー」「フーズカンパニー」「ウォータービジネスカンパニー」「デベロップメントカンパニー」の4つの社内カンパニーを設置。
音楽館開発の「JR EAST Train Simulator」発売。
楽天銀行と協業し、デジタル金融サービス「JRE BANK」を開始。